2006年，保亭黎族苗族自治县辖6个镇、3个乡：保城镇、什玲镇、加茂镇、响水镇、新政镇、三道镇、六弓乡、南林乡、毛感乡。境内有5个国有农场：国营通什茶场、国营新星农场 、国营金江农场、国营南茂农场、国营三道农场。
　　保城镇　辖2个社区、8个行政村：城北社区、城南社区、抄抗村、番文村、什好村、毛介村、什聘村、西坡村、春天村、石硐村。
　　什玲镇　辖12个行政村：什玲村、椰村村、介村村、坚固村、水尾村、大田村、排寮村、巡亲村、毛定村、毛天村、八村村、抄赛村。
　　加茂镇　辖6个行政村：加茂村、加答村、石建村、半弓村、共村村、界水村。
　　响水镇　辖8个行政村：大本村、什龙村、什月村、响水村、合口村、什邱村、毛岸村、陡水河村。
　　新政镇　辖10个行政村：石让村、毛文村、新政村、报导村、毛朋村、南改村、什那村、报什村、什奋村、新建村。
　　三道镇　辖4个行政村：三弓村、田滚村、甘什村、首弓村。
　　六弓乡　辖5个行政村：田岸村、田圯村、奋发村、大妹村、石艾村。
　　南林乡　辖3个行政村：东方村、南林村、罗葵村。
　　毛感乡　辖4个行政村：毛感村、毛位村、南好村、南春村。